הורתה של התכנית היא בשנת 2000 כפרויקט מחקר של צוות חוקרים מאוניברסיטת בן גוריון בראשותו של פרופ' אבי פורת ובמימון של המכון הלאומי לחקר שירותי הבריאות ומדינות הבריאות. הפרויקט זכה לשיתוף פעולה של ארבע קופות-החולים, משרד הבריאות וההסתדרות הרפואית והאיגודים המקצועיים שלה.

לאור הצלחתו בגיבוש מערכת מדדי איכות לרפואת הקהילה, אומץ הפרויקט על-ידי משרד הבריאות והפך ב- 2004 לתכנית לאומית קבועה שפועלת בהובלת המכון הלאומי ובמימונה של מועצת הבריאות. הדו"ח הראשון של התכנית פורסם בשנת 2004 והציג נתונים לשנים 2001-2003, ודו"חות נוספים הציגו נתונים לשנים עוקבות (הדו"חות הקודמים מקושרים לאתר זה). במאי 2010 התחלפה מינהלת התכנית, והביצוע הופקד בידי צוות מביה"ס לבריאות הציבור של האוניברסיטה העברית בירושלים והדסה בראשותה של פרופ' אורלי מנור. 

מטרת התכנית היא לקיים מדידה מתמשכת ודינמית של איכות שירותי המניעה, האבחון, הריפוי  והשיקום הניתנים בקהילה  ובתוך כך  לספק מידע לקובעי המדיניות ולציבור בנושא איכות הטיפול הרפואי הניתן על ידי קופות החולים. כול זאת, במטרה לשפר ולהטיב את השירות הרפואי הניתן לתושבי ישראל.

להגשמת יעד זה, התכנית מפרסמת מדי שנה את תוצאותיהם ברמה הארצית של סדרה של מדדי איכות בטיפול בקהילה. מעקב זה מאפשר הערכה של התפתחויות איכות הטיפול לאורך זמן וזיהוי מוקדים הדורשים התערבות ושיפור, הן בתחום מערכות המידע ואיסוף הנתונים והן בתחום שירותי הבריאות. הערכת איכות הטיפול בישראל מתבצעת גם בהשוואת הביצועים לאלה המושגים בארצות אחרות המפרסמות את תוצאותיהם של מדדי איכות הטיפול בקהילה.

מדדי התכנית נבחרים בקפידה, תוך התבססות על הניסיון והספרות הבינלאומיים, תוך התייעצות עם צוותי מומחים קליניים, ובקונסנזוס בין נציגי קופות החולים. חישובם עובר תהליכי בקרה פנימיים וחיצוניים קפדניים.